Aveces no funcionan todas las aplicaciones , pork si acabas de instalar el .deb? Que falta? aqui te diremos
Los Sistemas testeados por mi fueron Jaunty 9.04, Linux Mint , Debian Lenny, Cabe recordad que tambien si eres usuario que apenas te vas a pasar a Linux Linux Mint no necesita estos pasos solo los de virtual Box YA que Los plugis de java y de flash ya vienen por default :) ;) AHorita esta en la version 7 Gloria release. Disfrutar

Bueno es que la verdad Se necesita tratar este tema PAra quitar el error de muchos programadores o hasta usuarios comunes , ya que aveces no funciona las aplicaciones java como es debido. Pues bien todo esto es porque necesitamos unas cuantas librerias que estan en la documentacion pero que aveces es dificil leerlas o weba en general de buscar. Pues Les presento Una guia infaquible para las aplicaciones JAVA. y entre ellas la que aveces nos da dolor de cabeza instalar . Virtual BOX!!

- Necesitaremos actualizar nuestros compiladores copy&paste code:
sudo aptitude install build-essential
sudo aptitude install linux-headers-`uname -r` //De este ultimo tecleen primero $ uname -r. Copy&paste :) lo reemplazan por lo que hay en las comillas 'uname -r'
- Ahora necesitaremos Los repositorios restrictivos o extras del siguiente code:
- Este code permite instalar lo siguiente es bastante pesado nos e desesperen los de Banda ancha lenta.
plugin de flash, algunas fuentes de texto de Microsoft, la ultima version
de Java, y varios codecs (entre ellos el soporte de MP3 y DivX).
sudo aptitude install ubuntu-restricted-extras
y despues esto:
sudo aptitude install sun-java6-fonts sun-java6-jre sun-java6-plugin
Ahora podran usar aplicaciones Applets, compilar desde Consola en cualquier carpeta, JAR,, JNLP como buho21.com QUe tiene un excelente Juego de ajedrez online en Java. Sale nos vemos Esto es todo solo para los que quieren Aplicaciones JAVA en su explorador.
Linux Mint esto no lo necesita solo pasar a la parte de Virtual Box :) esto lo tiene cargado por default ;)
INSTALAR VIRTUALBOX 3.0.0
VirtualBox es un excelente software para crear una maquina virtual y poder probar otros Sistemas
Operativos. Para usarlo:
Instalamos las dependencias necesarias:
sudo apt-get install libqt4-network libqtcore4 libqtgui4 python2.5 libaudio2 python2.5-minimal
Despues nos descargamos el paquete .deb de la web de VirtualBox y la instalamos con:
sudo dpkg -i virtual-xxxxxx.Ubuntu_jaunty_i386.deb
Donde xxxxxx se corresponde con los valores de la version que exista actualmente.
Puedes encontrar una guia de ejemplo de como instalar un nuevo sistema mediante VirtualBox en la
siguiente guia.
Una vez instalado VirtualBox y las guest additions, puedes Activar el modo fluido (las aplicaciones
de VirtualBox se muestran en el escritorio principal) pulsando la combinacion de teclas Control derecho + L.
Este ya estaba escrito solo que aqui lo separo para comodidad de quien solo necesite Estas aplicaciones de SUN.
OpenOffice 3.1.x Esp
Un pequeño manual para poder instalar la ultima version de OpenOffice 3.0.1 en Debian GNU/Linux, Ubuntu y derivados de una manera muy facil:
Primero eliminamos la version que tenemos:
apt-get purge openoffice.org openoffice.org-base openoffice.org-base-core openoffice.org-common openoffice.org-core lp-solve openoffice.org-impress openoffice.org-filter-mobiledev openoffice.org-draw libgfortran3 openoffice.org-report-builder-bin libsuitesparse-3.1.0 ttf-liberation openoffice.org-math libblas3gf openoffice.org-officebean liblapack3gf openoffice.org-calc
ahora bajamos OpenOffice 3.0.1 aqui, cuando terminemos extraemos y despues entramos a la carpeta con el comando
cd nombre de la carpeta/debs/
y despues instalamos openoffice
dpkg -i *.deb
ahora instalamos los menus:
cd desktop-integration/
instalamos:
dpkg -i openoffice.org3.0-debian-menus_3.0-9376_all.deb
y listo tenemos la ultima version de OpenOffice instalada 
Este tuto lo pueden ver con mas comentarios aqui RED de BUCIO
MySql
Tengo dos posibilidades para instalar de muchisimas que hay. Escritas ay en mis blogs
PHP Mysql y apache(XAMPP) Siguan las instrucciones de Instalacion de LAMP o ahora llamado XAMPP
http://www.apachefriends.org/en/xampp-linux.html#374
Y listo Aqui un tutorial de Mysql de parte de wikilearning
Les sugiero descargarlo de la pagina oficial de Sun Microsistem e instalar el archivo ejecutable .sh
PUeden escoger entre uno simple con funciones de Java solamente o otro que tenga todas las funciones ay es por su gusto.
Aunque para gustos Rapidos y en Ingles pueden usar la super Consola
apt-get install netbeans
Instala todos los repositorios y entradas en linux listo para trabajar con aplicaciones JAVA.